Seule l'infusion du zeste de l'orange amère peut être utiliser en cas de grossesse et chez l'enfant. Le zeste d'orange amère sous forme d'extrait est contre-indiqué en cas de grossesse, d'allaitement et chez l'enfant ‹ 18 ans. La synephrine présente dans le zeste de l'orange amère peut entrainer des risques de tachycardie, de collapsus transitoire, de fibrillation ventriculaire ou d'évanouissement.
De même, il est contre indiqué d'associer l'orange amère à des produits à base de caféine, un traitement chronique contre l'hypertension artérielle, les maladies cardiaques ou la dépression. Elle est aussi contre-indiquée en cas de traitement décongestionnant pour le rhume, en cas de troubles de la prostate ou de troubles cardiaques.
D'ailleurs, l'ANSM a interdit l'importation, la prescription, la préparation et la vente de cette plante dans les préparations magistrales, officinales et hospitalières à visée amaigrissante.