Ne pas utiliser de folioles fraiches. Le séné est déconseillé en cas de grossesse ou d'allaitement. ll est contre-indiqué chez l'enfant < 10 ans, en cas de syndrome occlusif, sub-occlusif, de syndromes douloureux abdominaux de cause indéterminée, colopathies organiques inflammatoires (Maladie de Crohn, Rectocolite ulcéreuse, etc.), déshydrations sévères, d'usage sortant de cette indication.
Cette plante est déconseillé en cas de prise de médicaments donnant des torsades de pointe (amiodarone, sotalol, etc.) car elle risque d'augmenter les torsades de pointes. En cas de prise de médicaments qui diminuent le taux de potassium dans le sang (digoxine, diurétiques hypokaliémiants, corticoïdes, etc.), pensez à surveiller la kaliémie afin de la corriger si celle-ci diminue.
Le séné peut entrainer des diarrhées, douleurs abdominales, hypokaliémie au long terme ou une coloration des urines.