Les bénéfices apparaissent au bout de 3 à 4 semaines. Ne pas dépasser 8 semaines de cure sans avoir un avis médical. L'arrêt de la cure doit se faire de manière progressive. Ne convient pas en cas de grossesse, d'allaitement et chez l'enfant < 6ans. Des effets indésirables tels que des troubles gastro-intestinaux, vertiges, fatigue, maux de tête peuvent apparaitre mais ils restent rares si les doses sont respectées. Le millepertuis est contre-indiqué en cas de transplantation d'organe, du VIH, de la dépression sévère et des troubles bipolaires. Cela est dû aux interactions médicamenteuses qu'a le millepertuis avec le traitement de ces situations. Aussi, le millepertuis interagit avec les pilules contraceptives en diminuant leur efficacité. Il y a un risque d'allergie au millepertuis. De plus, l'hypéricine est une molécule photosensible. Il est donc nécessaire de ne pas s'exposer et de se protéger du soleil lors de la cure.