Son utilisation est déconseillée chez l'enfant, en cas de grossesse ou d'allaitement.
L'huile essentielle de clou de girofle ne doit pas être utilisée pure car elle peut irriter la peau et les muqueuses. De même, elle ne doit pas être utilisée en inhalation ou en diffusion humide. Utilisée sur la peau, l'huile essentielle de clou de girofle est contre-indiquée en cas d'allergie croisée (allergie à la cannelle, au baume du Pérou), d'eczéma ou de fragilité cutanée. Si le produit contient plus de 5% d'huile essentielle de clou de girofle, vous vous exposez à un risque d'irritation. Utilisée par voie orale, l'huile essentielle de clou de girofle est contre-indiquée en cas troubles gastriques (ulcère gastroduodénal), de troubles hépatique sévères (cirrhose, carence en G6PD, hépatite), de troubles de la coagulation, de prise concomitante d'anticoagulants ou d'anti-agrégants placentaires tels que la ticlopidine.
La nausée, les vomissements, les diarrhées et ainsi que des hémorragies digestives sont des signes d'un surdosage.